实验室采用主任负责制，下设2名副主任，其中主任由农业部聘任，副主任由中国农业大学聘任。设八个主要专业风险评估室，一个科普培训部和一个办公室，每个专业方向设1个岗位专家，岗位专家的选拔、主要研究方向和重大课题的选择由本实验室学术委员会讨论决定。实验室将全面、坚决地贯彻"开放、服务、联合、竞争"的开放运行管理方针，充分发挥实验室学术委员会的指导、监督作用，切实加强实验室各项日常工作的管理，努力将本实验室建设成为国内相关领域的一流的科学研究和人才培养基地。

　　实验室实行依托单位领导下的主任负责制，实施实验室管理委员会，实验室主任、副主任，研究室岗位专家三级运行机制。实验室建立了科研项目管理制度、人员管理制度、仪器管理制度等完备的规章制度。

　　实验室组织管理模式